การรักษาคลองรากฟัน คือ กระบวนการในการกำจัดเชื้อโรคที่เข้าสู่โพรงประสาทฟันและคลองรากฟัน ทำให้ฟันมีอาการปวด บวม และมีตุ่มหนอง การรักษาคลองรากฟันจึงถือเป็นการบูรณะฟันเพื่อให้สามารถเก็บรักษาไว้ใช้งานได้ตามปกติโดยไม่ต้องถอนฟันออก

สาเหตุที่ต้องได้รับการรักษาคลองรากฟัน

1. ฟันผุ ฟันแตก ฟันร้าว ฟันสึกจนทะลุโพรงประสาทฟันทำให้เกิดเชื้อโรคบริเวณปลายรากฟัน (อาจจะมีอาการปวดร่วมด้วยหรือไม่มีก็ได้)
2. ฟันที่เกิดจากอุบัติเหตุ 
3. ฟันที่เปลี่ยนสี